Il n’existe pas de fonction dans MySQL (et bien d’autres SGBD) pour trouver le nombre d’occurrences d’une chaîne de caractères dans une autre. Par exemple, combien de fois « ait » apparaît dans la chaîne « Il était grand mais il avait peur » ?
Ou, comme on me l’a récemment demandé sur IRC, vous cherchez à déterminer le nombre d’occurrences d’une sous-séquence particulière (par exemple, « TAT ») dans la séquence génomique suivante :
ATTGGTGGGCTCTACTAAGATATCAACGGGACTTCGGAGCGTGCCGCACTATTT
Évidemment, vous pouvez lire les données du SGBD puis faire la recherche en mémoire en utilisant votre langage de programmation préféré mais comment faire le tout en SQL ?
La solution est simple et elle a la forme suivante :
SELECT FLOOR(( LENGTH(source) - LENGTH(REPLACE(source, chaineAChercher, '')) ) / (LENGTH(chaineAChercher))) as occ
Pour revenir à notre exemple, la source étant la longue séquence génomique et « chaineAChercher » étant « TAT », cela donnerait :
SELECT FLOOR(( LENGTH('ATTGGTGGGCTCTACTAAGATATCAACGGGACTTCGGAGCGTGCCGCACTATTT') - LENGTH(REPLACE('ATTGGTGGGCTCTACTAAGATATCAACGGGACTTCGGAGCGTGCCGCACTATTT', 'TAT', '')) ) / (LENGTH('TAT'))) as occ
La réponse à notre petit problème ? La voici!
Heureusement dans la vie, il y a plus de solutions que de problèmes… Et parfois de longues requêtes SQL!
P.S. Cet ajout pourrait grandement vous intéresser!
L’idée est brillante. Merci !!!
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Merci, cette requête m’a bien aidé pour nettoyer une base de données aujourd’hui!
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Bonjour,
ça peut-être utile en effet.. Attention par contre. si la chaine est du genre :
‘machaine;blabla ;’ avec le nombre d’occurences de ‘;’ à trouver.
le resultat retourné sera incorrect car le replace du dernier ‘;’ avec un espace devant va faire que le LEN(REPLACE(…)) sera diminué de 3 au lieu de 2 (dernier espace ignoré par le LEN().
(je parle en MS SQL)
Donc attention…
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